労使協定に定める事項として上記㈠~㈢が施行規則に規定されていますが、賃金の支払額を早期に確定させる観点から、労使協定で定められるべきものとして施行規則に規定されているものではありませんが、以下の事項が通達において挙げられています。
① 労働者の意向を踏まえた代替休暇の取得日の決定方法
労働者の代替休暇取得の意向については、一箇月について六十時間を超えて時間外労働をさせた当該一箇月の末日からできる限り短い期間内において、確認するものとし、代替休暇を取得するかどうかは、労働者の判断によるため、代替休暇が実際に与えられる日は、当然、労働者の意向を踏まえたものとする必要があるとされています。
② 一箇月について六十時間を超える時間外労働に係る割増賃金の支払日
一箇月について六十時間を超える時間外労働に係る割増賃金の支払日については、労働者の代替休暇取得の意向に応じて次のようにする必要があるとされています。
A)労働者に代替休暇取得の意向がある場合には、現行でも支払い義務がある二割五分以上の割増賃金について、当該割増賃金が発生した賃金計算期間に係る賃金支払日に支払う必要がある。
なお、代替休暇取得の意向があった労働者が実際には代替休暇を取得できなかったときには、法定割増賃金率の引き上げ分の割増賃金について、労働者が代替休暇を取得できないことが確定した賃金計算期間に係る賃金支払日に支払う必要がある。
B)上記A)以外の場合(労働者に代替休暇取得の意向がない場合、労働
者の意向が確認できない場合等)には、法定割増賃金率の引き上げ分も
含めた割増賃金(五割以上の割増賃金)について、当該割増賃金が発生
した賃金計算期間に係る賃金支払日に支払う必要がある。
なお、法定割増賃金率の引き上げ分も含めた割増賃金が支払われた後に、労働者から代替休暇取得の意向があった場合には、代替休暇を与えることができる期間として労使協定で定めた期間内であっても、労働者は代替休暇を取得できないこととすることを労使協定で定めても差し支えないとされていて、
また、このような法定割増賃金率の引き上げ分も含めた割増賃金が支払われた後に労働者から代替休暇取得の意向があった場合について、代替休暇を与えることができる期間として労使協定で定めた期間内であれば労働者は代替休暇を取得できることとし、労働者が実際に代替休暇を取得したときは既に支払われた法定割増賃金率の引き上げ分の割増賃金について精算することとすることを労使協定で定めることも妨げられるものではないとされています。